DETEKSI Pseudomonas aeruginosa ISOLAT PUS LUKA BERBASIS POLYMERASE CHAIN REACTION MENGGUNAKAN GEN algD

Abstract

Penyakit cystic fibriosis dan infeksi nosokomial akibat bakteri Pseudomonas aeruginosa masih sering terjadi di Indonesia, sehinga deteksi dini bakteri infeksius tersebut perlu dilakukan untuk pemberantasannya. Deteksi P. aeruginosa dapat dilakukan secara akurat berbasis gen algD pengkode
alginat dengan metode Polymerase Chain Reaction (PCR). Alginat merupakan lapisan eksopolisakarida berlendir penyusun biofilm yang mengelilingi bakteri P. aeruginosa dan merupakan faktor virulensi bakteri tersebut. Tujuan penelitian ini adalah mendeteksi P. aeruginosa berbasis PCR melalui amplifikasi gen algD pada pus luka. Jenis penelitian ini adalah penelitian empiris didukung eksperimen dan studi pustaka. Sampel untuk isolasi bakteri berasal dari luka kaki anak laki-laki berusia 5 tahun yang menghasilkan pus (nanah). Proses sub kultur dilakukan di Laboratorium
Mikrobiologi Universitas Muhammadiyah Semarang. Berdasarkan hasil identifikasi serta uji biokimia bakteri diperoleh 1 isolat bakteri murni yaitu BP-1 dengan ciri-ciri Pseudomonas sp. DNA isolat bakteri BP-1 diisolasi dan PCR dilakukan dengan primer yang spesifik mengamplifikasi fragmen gen
algD menggunakan Pseudomonas aeruginosa ATCC sebagai kontrol, Produk PCR divisualisaikan pada gel elektroforesis lalu disekuensing dan dianalisis secara bioinformatika dengan program BLAST (Basic Local Alignment Search Tool). Amplikon gen algD isolat bakteri BP-1 tempak sebagai pita DNA berukuran ̴ 1310 bp. Hasil analisis BLAST menunjukkan bahwa isolat BP-1 memiliki kekerabatan dengan bakteri Pseudomonas aeruginosa strain US449 dengan tingkat kemiripan sebesar 100%.
Berdasarkan hasil penelitian maka isolat BP-1 teridentifikasi sebagai Pseudomonas aeruginosa strain P-1.
Kata Kunci : gen algD, identifikasi molekuler, penyakit infeksi , Pseudomonas aeruginosa, PCR