Simulasi Dinamika Molekul Protein Apo MIP (Macrophage Infectivity Potentiator) dari Legionella pneumophila

Abstract

Salah satu faktor virulensi yang dikaitkan dengan beberapa bakteri patogen adalah protein macrophage
infectivity potentiator (MIP). Penelitian ini bertujuan untuk memahami stabilitas protein MIP dalam
keadaan bebas (apo). Salah satu struktur awal protein apo diperoleh dari protein data bank 2VCD dengan
menghilangkan Rapamycin, sedangkan dua struktur awal lainnya berasal dari protein apo 2UZ5 dan
1FD9. Simulasi dinamika molekul dijalankan pada ketiga protein apo dan dikombinasikan dengan
penambahan potensial. Hasil simulasi memperlihatkan bahwa penambahan potensial memiliki efek
terbesar pada rongga pengikatan dari protein apo 2VCD, sedangkan kedua protein apo lainnya  tidak
menunjukkan perubahan konformasi sebesar protein apo 2VCD. Hal ini menunjukkan fleksibilitas yang
tinggi pada protein apo MIP dan adanya perbedaan fleksibilitas bila struktur awalnya berasal dari
kompleks protein-Rapamycin yang Rapamycinnya dihilangkan.
Kata Kunci : protein apo, MIP (macrophage infectivity potentiator), simulasi dinamika molekul